Дим, проценты показывают долю каждого пункта от общего числа переходов за месяц, то есть соотношение источников переходов; в сумме-то все переходы по-любому 100% составят.
А 100% у одного пункта могут быть и в случае наличия всего трёх переходов с закладок, например, при условии, что переходов из других мест не зафиксировано вовсе. Так-то.